Изградња Мрачне капије датира из 1739. године, када је Београд, по склопљеном примирју са Аустријом поново дошао под турску власт. У оквиру нове бастионске трасе подигнуто је седам капија, од којих су све, осим Сава капије, очуване, међу којима је и Мрачна капија. Са обе стране капије налазе се бочне просторије, које су постављене на стени са по једним ложиштем-камином, док су два отвора на Јужној фасади највероватније служила за конструкцију за подизање мостова.

Истраживачки радови рађени су од 1960. до 1965. године, а приметне су и одређене интервенције на фасадама и у главном пролазу. На капији су констатована оштећења камена и хидроизолацијског слоја свода капије, као и остаци гарежи, јер је она, у једном тренутку била и станиште бескућника.

Рестаурација Мрачне капије рађена је када и пешачка комуникација у оквиру комплекса, која повезује доњеградски булевар са градским језгром преко Карађорђеве и Париске улице. Према пројекту Завода за заштиту споменика културе града Београда вредност радова на овом објекту је 9.900.000 динара. Због великих оштећења камена у Мрачној капији рађена су истраживања у сарадњи са немачком фирмом Ремерс, што је утицало на продужетак радова и додатно инвестирање.

Радови на Мрачној капији завршени су 2009. године.